Po šesti letech pokusů a zkoušek zjistil, že co substance vyvolá u zdravého člověka, to vyléčí u nemocného. Svůj nový systém nazval „homeopatie“ – od řeckých slov „homos“ = podobný a „pathos“ = utrpení. Roku 1810 své principy podrobně popsal v Organonu racionální léčby a o 2 roky později začal homeopatii vyučovat na univerzitě v Lipsku.

Od prvních dní měla homeopatie odpůrce v řadách konvenčních lékařů (Hahnemann vždy ostře kritizoval zastaralé léčebné postupy, jež pacientům přinášely více utrpení než nemoc sama) a lékárníků (vždy užíval jen 1 prostředek místo drahých – vysoce lukrativních – mixtur různých látek). Zároveň se však od počátku homeopatie těšila veliké oblibě pacientů (rychlá, trvalá a šetrná léčba) a pokrokových lékařů, kterým šlo v prvé řadě o pomoc nemocným.

V průběhu 19. století se homeopatie rychle rozšířila po celé Evropě, do Asie a obou Amerik. K nejvýznamnějším lékařům v USA patřili dr. Constantine Hering (1800–1880), jehož zákony léčby platí dodnes, a dr. James Tyler Kent (1849–1916) jehož přednášky materie mediky jsou základní knihou všech homeopatů a repertorium je páteří dnešních repertorii. V roce 1849 založil dr. Frederick Quin (1799–1878) v Londýně první homeopatickou nemocnici. Když v roce 1859 propukla epidemie cholery, byla úmrtnost v této nemocnici o více než polovinu nižší než v ostatních nemocnicích. Tato informace však nebyla celostátní lékařskou komorou zveřejněna se zdůvodněním, že „tyto statistiky by sankcionovaly užívání metod, které jsou v rozporu s pravdivým poznáním a pokrokem lékařské vědy.“

Počátkem 20. století byla homeopatie vytlačena vzestupem Americké lékařské asociace v USA a Britské lékařské asociace ve Spojeném království. Koncem 20. století však ožil zájem o homeopatickou léčbu, neboť některé aspekty konvenční medicíny vedly k rozčarování.